As águas subterrâneas apresentam geralmente excelente qualidade natural e, na maior parte das vezes, dispensa-se o tratamento pós-extração, como é comum às águas de rios, lagos e açudes.
Estima-se que, por ano, o subsolo do país receba 4.329 Mm3/ano de esgotos, o que corresponde à soma entre o esgoto vindo da falta de redes (3.747 Mm3/ano) e o proveniente de vazamentos por falta de manutenção (582 Mm3/ano).
Esse volume é equivalente ao lançamento na natureza de 1,8 milhão de piscinas olímpicas por ano ou quase 5 mil piscinas/dia. Com a forte urbanização e a intensificação das atividades humanas, tem sido crescente o número de relatos de contaminação de aquíferos e das águas subterrâneas.
A CETESB (2018) registra, por exemplo, quase 6 mil áreas contaminadas no Estado de São Paulo, embora acredita-se que o número seja 10 vezes maior.
Nesses casos, as contaminações são advindas principalmente de estocagem de produtos perigosos, deposição de resíduos sólidos ou lançamento de efluentes industriais.
A falta de saneamento básico, especialmente de redes de coleta e tratamento de esgotos, faz com que haja o ininterrupto lançamento de esgotos em fossas sépticas, fossas negras e sumidouros, a céu aberto e em cursos de água superficial (IBGE, 2008).
A falta dessas redes de esgotamento sanitário e/ou as precárias condições das redes existentes devido a falhas de projeto e manutenção correspondem às fontes de degradação de aquíferos ambientalmente mais preocupantes, responsáveis pelos maiores casos de contaminação em volume e área no Brasil.
A contaminação de aquíferos pela falta de manutenção das redes é bem documentada no Estado de São Paulo, em cidades como Marília, São José do Rio Preto, São Paulo, Bauru, Urânia, Andradina e Presidente Prudente, mas também em capitais no Norte e Nordeste do país, incluindo Belém, Fortaleza, Natal e Recife.
Favelas e assentamentos irregulares: há nítida correlação entre a quantidade de fossas sépticas e negras e as maiores contaminações por nitrato e microrganismos patogênicos cloreto em aquíferos.
Nesses locais, por exemplo, o problema das doenças é mais preocupante, pois os moradores recorrem às águas subterrâneas através de poços escavados, que costumam ser contaminados pelas próprias fossas negras e sépticas instaladas em suas cercanias.